Les fossiles de Majungasaurus ont été découverts par le docteur Félix SALETES dans la région nord de Mevarano (=Maevarano). Ces fossiles ont été décrits par le scientifique français Charles DEPERET en 1896. Ce qui l’amena à créer un nouveau taxon de Théropode : Megalosaurus crenatissimus (Titanosauridé). Ces découvertes étaient : six spécimens isolés avec deux dents isolées, tous trouvés aux alentours de Berivotra, bassin de Mahajanga, nord ouest de Madagascar. Lavocat (1955) a décrit un dentaire du Théropode partiel de la région de Berivotra qu’il a attribué à la même espèce crenatissimus mais en créant un nouveau genre : Majungasaurus.
Beaucoup plus tard, Suess et Taquet (1979) puis Suess (1980) ont décrit un toit crânien partiel bizarrement orné avec un frontal bombé (MNHN.MAJ 4) retrouvé dans ces mêmes dépôts dans le bassin de Mahajanga. A partir du frontal en forme de dôme, ces auteurs incluaient ce spécimen dans le Pachycephalosauria et créèrent un nouveau genre et nouvelle espèce dénommés : Majungatholus atopus. Non seulement le Majungatholus était le premier Pachycephalosaur (et le premier ornithischien) à être reconnu à Madagascar mais il était aussi le seul Pachycephalosaur identifié dans le continent de Gondwana. Tous les autres Pachycephalosaurs connus sont limités dans l’hémisphère nord (Asie, Europe et Amérique du nord).
L’étymologie du nom spécifique « atopus » veut dire « déplacé » ou « hors de la place ». Les examens ultérieurs du spécimen MNHN.MAJ 4(Sampson et al, 1996a) ont permis l’identification de plusieurs traits absents dans tout Pachycephalosaure (par exemple l’absence de trabecule rayonnant dans le ‘dôme’, l’ornementation de la rugosité, dôme arrivant complètement à l’intérieur des frontaux plutôt qu’incorporer aussi les pariétaux). De plus, les autres caractéristiques comme la cavité olfactive divisée et longue montrent ce spécimen fragmentaire appartenant à un Théropode au lieu de Pachycephalosaure (Sampson et al, 1998).
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